วิธีการทำถั่วเน่า ขั้นแรกให้นำถั่วเหลืองหรือที่ชาวไทยใหญ่เรียกว่าถั่วหัวช้าง มาต้มจนสุกแล้วกรองน้ำออก จากนั้นนำถั่วเน่าที่ยังอุ่น ๆ อยู่ไปใส่ในถุงผ้า แล้วตากแดดประมาณสองวัน ซึ่งเป็นขั้นตอนการหมัก พอถั่วเริ่มส่งกลิ่นเหม็น ก็ให้นำออกจากถุงมาทำเป็นถั่วเน่าแบต่าง ๆ
หากจะทำเป็นถั่วเน่าแผ่น ก็ให้นำไปตำจนเละ แล้วปั้นให้เป็นก้อนตามขนาดที่ต้องการ หลังจากนั้นจึงทับให้แบบโดยใช้ใบตองประกบสองด้าน แล้วนำไปให้ตากแห้งอีกครั้ง ก่อนจะนำมาปรุงอาหารให้ย่างไฟจนได้กลิ่นหอม แล้วนำมาตำโขลกรวมกับน้ำพริกใส่ในแกงต่าง ๆ
นอกจากถั่วเน่าแผ่นแล้วยังมีถั่วเน่าแบบอื่น ๆ อีกเช่น ถั่วเน่าซา เป็นเม็ดถั่วเน่าที่หมักแล้วแต่ยังไม่ได้บด สามารถนำมาปรุงอาหารได้หลายอย่าง เช่น การยำถั่วเน่าซา ถั่วเน่าห่อ เป็นถั่วเน่าที่หมักแล้วนำมาบดละเอียดผสมกับเกลือ หลังจากนั้นห่อด้วยใบตองนำไปปิ้งแล้วกินเป็นกับข้าวได้เลย ส่วนถั่วเน่าทรงเครื่อง มีลักษณะคล้ายกับถั่วเน่าห่อ แต่มีการโขลกผสมกับเครื่องปรุง นำมาห่อกับใบตอง แล้วนำไปนึ่งหรือปิ้งไฟ หลังจากนั้นก็นำมารับประทานกับข้าวได้เลย
ในบรรดาถั่วเน่าทั้งหมดที่กล่าวมานี้ ถั่วเน่าแผ่นเป็นที่นิยมมากที่สุด โดยสามารถซื้อหาซื้อได้ตามท้องตลาดภาคเหนือทั่วไป
